Giugno 1942. Gli americani respingono l’offensiva dell’Impero Giapponese nella Battaglia delle Midway. Una svolta decisiva nella sanguinosa Guerra del Pacifico, che ha condotto alla disfatta la Flotta giapponese. L’oceano è il freddo teatro di scontro, infuocato dai proiettili, dove i bombardieri americani decollano da gigantesche portaerei per dirigersi verso le forze dell’Impero del Sol Levante.
Nick Sheff è un ragazzo brillante, desideroso di fare esperienze di vita, uscire dall’ovile e spiccare il volo verso l’indipendenza. Stanco della quotidianità, Nick si cala in un tunnel oscuro, dove la felicità e i ricordi d’infanzia cominciano a sbiadire. Il padre David, sconvolto e addolorato per la cruda realtà in cui vive il figlio, è determinato a confrontarsi con lui, con l’aiuto della seconda moglie con cui ha costruito una nuova e “perfetta” famiglia.
XXVI Secolo. Solo macerie sono rimaste dalla Caduta; la guerra ha distrutto le enormi città tra le nuvole, eccetto Salem che ha resistito e ora domina il mondo. La Città di Ferro è l’agglomerato urbano sottostante, un mare metallico, una discarica in cui sono gettati i rifiuti di Salem; Alita è uno di questi rifiuti: un angelo caduto, strumento inutilizzabile, incompreso, o semplicemente odiato.